Koko maailman tuntema kesykoira, latinankieliseltä nimitykseltään Canis lupus familiaris, on vähintään 15 000 ja enintään 33 000 vuoden ikäinen ihmisen kumppani. Kesytetystä harmaasudesta (Canis lupus) koiraksi muodostunut seuralaisemme on alkuaikoina ollut ensisijaisesti vartija. Sen erinomainen kuulo, sen tarkka hajuaisti ja sen kyky petomaisesti puolustaa laumaansa on pelastanut monia esi-isiämme. Se on aika ajoin voinut olla myös ruoan lähde. Koira on myös ollut sovelias työeläimeksi, kuten valjakon vetäjäksi.
Se, koska harmaasuden kehittyminen kesykoiraksi tapahtui, on jäänyt tarkoilta yksityiskohdiltaan historian hämärään. Teorioita sen tapahtumisesta on monia. Kaksi pääsuuntaa ovat joko orvot sudenpennut, jotka ihminen on ottanut hoitaakseen, toisena linjana on eläimen päätös seurata ihmistä ruoan vuoksi.
Ensimmäisen teorian mukaan joitain sudenpentuja on voitu hyvin nuorina ottaa ihmisten hoiviin. Niitä on sitten totutettu ihmisseuraan, kesytetty. Joidenkin tiedemiesten mukaan muinaiset ihmiset ottivat orvoiksi jääneitä sudenpentuja ihmisvauvojen seuralaisiksi. Kun pennuista kasvoi aikuisia, ne jatkoivat keskenään lisääntymistä ja saivat aikaan uuden sudenkaltaisen kesyhkön susikoiran tai koirasuden. Kun sen jälkeläiset jatkoivat kesyjen sukulaistensa kanssa lisääntymistä, monien sukupolvien aikana eläimestä tuli yhä koiramaisempi.
Ruoan perässä kulkevien susien kesyyntyminen on toinen teoria. Sudet raadonsyöjinä ovat mahdollisesti kulkeneet ihmisten perässä syömässä luita ja muita jätöksiä, joita ihmisten leirissä on ollut. Tuollaista toimintaa harrastaneet sudet olisivat yksilöinä olleet vähemmän epäluuloisia ihmisiä kohtaan kuin muut sudet, ja ne kykenivät jollain tapaa olemaan väleissä ihmisten kanssa. Kun ihmisiin tottuneet sudet lisääntyivät, niiden taipumus olla ihmisten läheisyydessä jatkui sukupolvelta toiselle.
Joidenkin arkeologisten tutkimusten mukaan ensimmäiset kesyjen koirien maalliset jäännökset ovat Itä-Aasiasta. Yksi varmimmista osoituksista koiran kesyyntymisestä ihmisen ystäväksi on 12 000 vuoden takaa Israelista löytynyt hautapaikka, johon noin 50-vuotias nainen oli haudattu yhdessä koiransa kanssa. Saksassa on yksi samanlainen hauta 14 000 vuoden takaa. Vuonna 2008 tehtiin uudelleen tutkimuksia Belgiassa sijaitsevassa Goytetin luolassa. Sieltä tunnistettiin suuri, voimakas koira — tai paremminkin sen luuranko — joka eli 31 700 vuotta sitten. Goyet-luolan koira söi hevosia, poroja ja myskihärkiä. Tätäkin vanhempi jäännös koirasta löytyi vuonna 2010 Siperiasta, jossa Altai-vuoristosta löytyi 33 000 vuotta vanha koiraeläin. Vuonna 2013 julkaistun DNA-analyysin mukaan (PLOS ONE -sivusto, artikkeli “Ancient DNA Analysis Affirms the Canid from Altai as a Primitive Dog”) tuo koira oli enemmän nykypäivän koiraa muistuttava eläin kuin sutta muistuttava.
Kun sudesta ajan myötä tuli kesykoira, se johti useiden fysiologisiin muutoksiin. Niihin lukeutuu eläimen koon pieneneminen, turkin värityksen muuttuminen, leuan lyhentyminen ja hammasrivistön ahtautuminen sekä myöhemmin hampaiden koon pienentyminen sekä aivojen koon kutistuminen.
Kun ihmiset levittäytyivät eri puolille planeettaa, erilaisia koiria kulki niiden mukana. Maanviljelyn synty Lähi-idässä ja sitä seurannut kaupungistuminen kasvatti merkittävästi koirien määrää. Se loi myös tarpeen koirille erikoistua; olosuhteet johtivat työkoirien ja lemmikkikoirien muodostumiseen. Näin osa koirista kiinnostui esimerkiksi lampaiden paimentamisesta, toiset lintujen metsästyksestä, osa kettujen jahtaamisesta, jotkut vartioimisesta ja sodankäynnistäkin.